母源抗體問題
接種疫苗與接觸傳染病間隔太短
病毒或細菌株不同
如果病毒或者細菌株發生了變異，那麼疫苗接種也會失敗。例如，進來臨床上發現細小病毒的變異株，結果常規的細小病毒接種失敗。
疫苗破壞
由于不適當的保存或者運輸，弱毒疫苗可能會失活從而發生免疫失敗；在疫苗的存放和運輸過程中溫度高于4度，疫苗就會失效！
疫苗使用不當
接種途徑沒有按疫苗的要求進行，比如皮下注射、肌肉注射或者滴鼻等。還有一定要劑量注射。犬用疫苗都是按頭份的，不是按體重、年齡等。
注什麼是頭份：就是每頭的注射份量。例如（不作為參考數據）：狗瘟疫苗每頭注射兩頭份，就是每頭狗注射該疫苗稀釋液中的2份劑量。
免疫程序不當
注射間隔太短，疫苗間會發生干擾現象，如果間隔太長，效果會降低，通常兩種疫苗的注射間隔為2-3周比較合理，當然狂犬病除外。
品種不同
不同品種對傳染病的敏感程度與反應也不一樣，對比較敏感的品種可能需要調整免疫程序。
免疫缺陷
如果機體的免疫系統有缺陷，不能對疫苗產生正常的免疫反應，也會失敗。